主体资格问题

直营店数量不足：根据相关规定，特许人从事特许经营活动应当拥有至少 2 个直营店，并且经营时间超过 1 年。若不满足此条件，备案申请可能会被退回。

经营范围不符：特许人的经营范围未涵盖其开展特许经营的业务领域，如从事餐饮特许经营，但营业执照中未明确有餐饮相关经营项目。

文件材料问题

材料不齐全：缺少关键的申请文件，如特许经营合同样本、加盟店铺分布情况表、市场计划书等，或者提供的材料未按要求签字、盖章。

信息不一致：提交的材料中企业名称、法定代表人、注册地址等基本信息与营业执照或其他官方登记文件不一致。

材料不清晰：所提供的文件材料如营业执照副本复印件、商标注册证复印件等模糊不清，无法准确辨认关键信息。

经营模式与合同问题

经营模式不明确：未能清晰阐述特许经营的具体模式，包括但不限于加盟流程、培训支持、物流配送、广告宣传等方面的运作方式。

合同条款不完善：特许经营合同样本中缺少必要条款，如特许经营费用的支付方式、双方的权利义务、合同的解除和终止条件等，或者合同条款存在不公平、不合理之处，对被特许人权益保护不足。