商标获权时间未满一年：若商标获权时间或获得商标使用权的时间未满一年，不符合备案要求13.

注册商标类别与经营业务不匹配：注册商标所获权类别与特许经营业务无直接关联，无法证明其在该业务上有稳定有效的专属权或使用权，例如从事餐饮服务，但商标注册类别却为服装类13.

服务项目未涵盖实际经营内容：核准注册的服务项目未能涵盖实际经营的项目，导致经营资源保护范围与实际经营项目不匹配，如实际经营包含多种服务，但商标注册的服务项目仅涵盖了其中一部分13.

直营店认定问题：不同地区对直营店的认定标准存在差异，可能导致备案公司的母公司部分地区不认为某些店铺属于直营店； 直营店是个体户且经营者不属于备案主体公司占股 51% 以上的控股股东，这些情况都会影响备案13.

直营店经营时间不足：直营店实际经营时间未满一年，或者一年内变更过营业地址且无法提供证据证明更换地址前经营的业务与备案业务属于同一业务范畴、同一品牌，不符合 “两店一年” 的要求135.

直营店证明文件不足：无法提供直营店与备案公司之间的资产关系证明，如公司章程；或者无法提供证据证明直营店近一年内在持续经营，如租赁合同、租金流水、完税证明等136.

直营店与备案业务不一致：直营店实际经营的内容与备案业务不属于同一品牌或同一业务范畴，例如直营店经营的是 A 品牌产品，而备案业务是关于 B 品牌的特许经营13.

合同条款缺失：特许经营合同中缺少保护加盟商权益的条款，如冷静期条款、培训指导条款等，对加盟商的利益保障不足，不符合备案规范13.

操作手册内容不足：特许经营操作手册缺少实质培训、指导的内容，不够详细和全面，不能让加盟商依手册指引成功建店经营，无法体现特许人对加盟商的有效支持13.

资格要求不符：企业未满足成为特许人的资格要求，如没有成熟的经营模式、服务能力不足，无法为被特许人持续提供经营指导、技术支持和业务培训等服务167.

备案材料不全或错误：提交的备案材料缺少必要的文件，如营业执照复印件、特许经营合同样本等，或者文件内容存在错误，如信息填写不准确、材料不清晰等146.

地址不详细或变更：备案时提供的地址信息不详细或与实际经营地址不一致，导致商务主管部门无法准确核实企业的经营场所和相关情况16.

前置性审批未办理：部分行业在备案前需要办理前置性审批手续，如教育、医疗、食品等行业，若未办理相关审批，会导致备案不通过14.

商标权人与备案主体不一致：若商标权人与备案主体不一致，且该商标资源未在商标局做商标许可使用合同备案，或不能提供商标许可使用合同，或许可使用合同存在显著性问题，如许可起始时间早于公司成立时间，许可时间还未满一年等，也会导致备案不通过1.

证明材料不足或存在瑕疵：如直营店纳税证明、盈利证明、员工在职证明等缺失或存在问题，同样会影响备案的审核结果