公司企业股权转让的税务申报需要注意以下问题：

1. 确定纳税主体及税种：

2. 个人股东：转让股权需要缴纳个人所得税和印花税。个人所得税以股权转让方为纳税人，受让方为扣缴义务人；印花税则由转让方和受让方双方缴纳。

3. 企业股东：企业作为持股主体转让股权需要缴纳企业所得税和印花税。企业所得税按转让股权收入扣除取得该股权所发生的成本后的余额计算，印花税同样由交易双方缴纳。

4. 准确计算计税依据：

5. 个人所得税：个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按 “财产转让所得” 缴纳个人所得税，税率为 20%2。这里的股权原值需根据股东的实际出资情况、股权取得方式等确定，合理费用主要包括个人转让股权时按规定缴纳的税金、凭合法票据实际支付的中介服务费、资产评估费及其相关的其他合理费用，但已作为被投资企业成本费用核算的税费支出除外。

6. 企业所得税：企业转让股权所得为转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后的余额，但不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额4。

7. 印花税：印花税的计算基数为股权转让合同所载金额，税率为万分之五246。

8. 关注纳税义务发生时间：

9. 对于企业股东，根据国税函〔2010〕79 号文件规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效且完成股权变更手续时，确认收入的实现，此时纳税义务发生。

10. 对于个人股东，根据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第二十条规定，出现受让方已支付或部分支付股权转让价款、股权转让协议已签订生效、受让方已经实际履行股东职责或者享受股东权益等情形之一的，扣缴义务人、纳税人应当依法在次月 15 日内向主管税务机关申报纳税。

11. 注意股权转让价格的合理性：

12. 如果股权转让价格明显偏低且无正当理由，税务机关有权核定股权转让收入37。例如，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额、低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费等情形，可能被认定为股权转让收入明显偏低7。

13. 对于平价转让、折价转让等情况，要准备好相关证明材料，以证明交易的合理性6。例如，股东是直系亲属关系的低价转让，需要提供相关证明67。

14. 合同中的税费承担约定：

15. 股权转让双方可以在合同中约定税费的承担方，但这种约定并不能改变纳税义务人的法定纳税义务。如果非纳税义务人未履行税费承担条款，造成税款未及时申报、缴纳，税务机关仍会要求实际的纳税义务人承担相关的补交税款、滞纳金乃至税收罚款的责任。

16. 资料的完整性和真实性：

17. 税务申报时需要提供股权转让协议、股东身份证明、资产负债表、验资报告（如有实缴资本）等相关资料，要确保这些资料的真实、完整、准确。

18. 如果提供虚假资料或进行虚假申报，将面临税务处罚7。

19. 不同地区的税收政策差异：不同地区可能会有一些特殊的税收政策或优惠政策，例如印花税的减免、企业所得税的优惠等，需要关注当地的税收政策并按规定享受相关优惠4。

20. 税务申报的流程和时间：

21. 了解当地税务机关的申报流程和要求，按照规定的时间和方式进行申报和缴纳税款，避免因逾期申报或缴纳而产生滞纳金和罚款。

22. 对于一些复杂的股权转让交易，可能需要提前与税务机关沟通，确保申报的顺利进行。