公司企业股权转让的税务申报流程如下：

一、前期准备

1. 确定股权转让的性质和价格：

2. 明确股权转让是平价转让、溢价转让还是折价转让。这将影响后续的税务计算和申报。

3. 确定股权转让价格时，应综合考虑公司的资产状况、盈利能力、市场前景等因素。双方可以通过协商、评估等方式确定合理的转让价格。

4. 整理相关财务资料：

5. 准备股权转让协议签订日期上月末的资产负债表，需法人、财务负责人、制表人（或会计）三方签字、盖公章。

6. 若有银行转账回单等支付凭证，也应提前整理好。

7. 如果涉及历次股权转让，需准备工商调档的所有与注册资金及股东变动有关的股东会决议、股权转让协议等资料。

二、纳税申报

1. 填写个人股东变动情况报告表：

2. 该表包括转让方和受让方的相关信息，如姓名、身份证号码、联系方式等。

3. 详细填写股权变动情况，包括转让股权的比例、转让价格、转让时间等。

4. 提交申报材料：

5. 将填写好的个人股东变动情况报告表及前期准备的相关资料，如资产负债表、股权转让协议复印件、转让方和受让方身份证原件及复印件（受让方为单位的需提交三证合一的营业执照副本原件及复印件）、银行转账回单（若有）、历次股权转让的相关资料（若有）等，提交至被投资企业所在地的主管税务机关。

6. 税务审核：

7. 税务机关收到申报材料后，会对股权转让的收入、原值等进行核定。

8. 审核过程中，可能会要求企业或个人提供进一步的说明或补充材料。

9. 计算应纳税额：

10. 根据股权转让的性质和价格，以及相关税法规定，计算应缴纳的个人所得税、印花税等税费。

11. 个人所得税一般按照股权转让所得的一定比例征收，印花税则按照股权转让协议金额的一定比例征收。

12. 缴纳税款：

13. 企业或个人根据税务机关核定的应纳税额，在规定的时间内缴纳税款。

14. 可以通过银行转账、网上申报缴费等方式完成税款缴纳。

三、后续事项

1. 获取完税凭证：

2. 缴纳税款后，税务机关会出具完税凭证，作为股权转让税务申报完成的证明。

3. 工商变更登记：

4. 凭借税务机关出具的完税凭证等相关材料，到工商行政管理部门办理股权转让的工商变更登记手续。

股权转让的税务申报流程可能因地区和具体情况而有所差异，在办理过程中，建议及时咨询当地税务机关和工商行政管理部门，以确保申报流程的顺利进行。