商业特许经营备案申请被退回通常有多种原因，以下是一些常见情况及申请时需准备的材料：

主体资格问题

直营店数量不足：根据相关规定，特许人从事特许经营活动应当拥有至少 2 个直营店，并且经营时间超过 1 年。若不满足此条件，备案申请可能会被退回。

经营范围不符：特许人的经营范围未涵盖其开展特许经营的业务领域，如从事餐饮特许经营，但营业执照中未明确有餐饮相关经营项目。

文件材料问题

材料不齐全：缺少关键的申请文件，如特许经营合同样本、加盟店铺分布情况表、市场计划书等，或者提供的材料未按要求签字、盖章。

信息不一致：提交的材料中企业名称、法定代表人、注册地址等基本信息与营业执照或其他官方登记文件不一致。

材料不清晰：所提供的文件材料如营业执照副本复印件、商标注册证复印件等模糊不清，无法准确辨认关键信息。

经营模式与合同问题

经营模式不明确：未能清晰阐述特许经营的具体模式，包括但不限于加盟流程、培训支持、物流配送、广告宣传等方面的运作方式。

合同条款不完善：特许经营合同样本中缺少必要条款，如特许经营费用的支付方式、双方的权利义务、合同的解除和终止条件等，或者合同条款存在不公平、不合理之处，对被特许人权益保护不足。

直营店问题

(1)直营店认定问题:备案公司的母公司部分地区不认为某些店铺属于直营店，或者直营店是个体户且经营者不属于备案主体公司占股51%以上的控股股东。 (2)直营店经营时间不足:直营店实际经营时间未满一年，或者一年内变更过营业地址且无法提供证据证明更换地址前经营的业务与备案业务属于同一业务范畴、同一品牌。 (3)直营店证明文件不足:无法提供直营店与备案公司之间的资产关系证明。 (4)直营店与备案业务不一致:直营店实际经营的内容与备案业务不属于同一品牌或同一业务范畴。 特许经营合同及相关手册问题 (1)合同条款缺失:特许经营合同中缺少保护加盟商权益的条款。 (2)操作手册内容不足:特许经营操作手册缺少实质培训、指导的内容。 (3)合同样本问题:特许经营合同样本不合格。